WinFF en realidad no es más que un front-end (interfaz de usuario) para FFMPEG, un motor de conversión de vídeos.
Mediante este motor, y por consiguiente con el programa, podemos convertir muchísimos formatos a otros, como por ejemplo un AVI a 3GP o de FLV a 3GP, es decir, si te descargas un vídeo de YouTube en FLV con este programita puedes convetirlo al formato del movil sin problemas. También dispone de AVI, WMV, MP4 optimizado para iPod, y muchos más…
El programa está disponible tanto para Windows como para sistemas GNU/Linux, tales como los basados en Red Hat o los basados en Debian, es decir, Ubuntu o Linux Mint.
Descárgalo (Debian/Ubuntu):

WinFF 0.32

yo anduve provando varios… hasta que encontre el SUPER en http://vagonettaprogramas.wordpress.com/2006/10/26/super-para-convertir-cualquier-video-a-3gp-mpg-avi-swv-o-mp3-y-reproducirlo
esta ESPECTACULAR, MUY BUENO y GRATUITO!!! se los recomiendo!!!… salu2
Gracias Pedro Ríos, aunque no veo que sea un programa para Linux, de todas formas se ve muy bueno el conversor que dices…